反滲透和納濾系統(tǒng)給水中的微生物會(huì)在膜表面沉降、凝結(jié)形成一層生物膜。一般來(lái)說(shuō)生物膜的厚度若超過(guò)了一定界度就會(huì)形成生物污染。使得原水側(cè)的通路阻力增大，原水和濃水之間的壓差增加。同時(shí)，由于微生物膜阻擋，系統(tǒng)運(yùn)行的有效壓力也會(huì)減少，從而導(dǎo)致系統(tǒng)脫鹽率的下降。以下這些消毒方法均含有氧化物質(zhì)，適用于反滲透和納濾系統(tǒng)前面的設(shè)備和管道。采用這些方法消毒后，必須清洗干凈所有管路，確保沒(méi)有氧化性物質(zhì)之后，給水才能流入反滲透和納濾系統(tǒng)。  

        1.紫外線(xiàn)殺菌
        采用紫外線(xiàn)殺菌完全沒(méi)有藥劑殘留，也沒(méi)有副產(chǎn)物的生成。消毒效果會(huì)依據(jù)作用對(duì)象的不同而不同。采用UV253.7在1-21mJ/cm²的照射劑量下可以進(jìn)行細(xì)菌消毒（90%不活化）。

        2.藥品殺菌
        · 氯消毒
        用氯消毒的方式效果明顯，在處理上也很容易實(shí)現(xiàn)，對(duì)效果的確認(rèn)可以用余氯殘留量后者會(huì)濃度測(cè)定。因?yàn)橐子诠芾矶粡V泛運(yùn)用。但氯會(huì)和腐殖質(zhì)等溶解性有機(jī)物發(fā)生反應(yīng)，產(chǎn)生三鹵代烷烴（THM）等對(duì)人體有害的副產(chǎn)物，目前已經(jīng)有許多替代氯的消毒劑。
        · 二氧化氯消毒
        二氧化氯（CIO?）作為消毒劑使用越來(lái)越廣泛，由于其物理、化學(xué)性質(zhì)上的不穩(wěn)定性使其無(wú)法貯藏，因此都在現(xiàn)場(chǎng)通過(guò)反應(yīng)生成CIO?并直接使用。
        · 氯氨消毒
        氯氨在市場(chǎng)上沒(méi)有單獨(dú)銷(xiāo)售，一般采用在原水中同事注入氨氮和氯，在某些氨氮含量較高的水體中可以直注入氯，生成氯氨。用氯氨消毒時(shí)，不會(huì)生成過(guò)多的類(lèi)似于THM的有害物質(zhì)，比較安全。
        · 臭氧消毒
        被臭氧（O?）處理過(guò)的水，如果含有溴化物則會(huì)生成次溴酸根離子（BrO-），進(jìn)而生成溴酸離子跟(BrO?-)。(BrO?-被確認(rèn)有致癌性，為回避風(fēng)險(xiǎn)不推薦使用臭氧殺菌。